Pelayanan Rawat Inap diselenggarakan di Instalasi Rawat Inap. Pelayanan Rawat Inap dilengkapi dengan Ruang Isolasi untuk kasus menular yang terdiri dari 4 (empat) tempat tidur. RSU Haji Surabaya memiliki 4 (empat) gedung untuk pelayanan Rawat Inap, yaitu :

1. Gedung Shofa
   • Lt.2 Ruang perawatan ibu pasca melahirkan bayi dan ruang NICU.
   • Lt. 3 Ruang Perawatan Kelas II
   • Lt. 4 Ruang Perawatan Kelas I dan Ruang Isolasi
2. Gedung Marwah
   • Lt. 1 Ruang Perawatan Kasus Bedah Kelas II dan Kelas III
   • Lt. 2 Ruang Perawatan Anak Kelas II dan Kelas III
   • Lt. 3 Ruang Perawatan Laki-laki Kelas II dan Kelas III, Ruang Perawatan Stroke, Ruang Perawatan Diabetes
   • Lt. 4 Ruang Perawatan Perempuan Kelas II dan Kelas III, Ruang Perawatan Stroke, Ruang Perawatan Diabetes
3. Gedung Graha Nuur Afiyah
   • Lt. 2 Ruang Perawatan Nuur Afiyah. kelas B, C dan D
   • Lt. 3 Ruang Perawatan Perawatan Nuur Afiyah.kelas B, C dan D
   • Lt. 4 Ruang Perawatan Perawatan Nuur Afiyah.kelas A dan B
4. Gedung Al-aqso
   • Lt. 3 Ruang Perawatan Jantung dan Ruang Verlos Kamer (VK)
   • Lt. 4 Ruang Perawatan Ibu
   • Lt. 5 Ruang Perawatan Bedah
   • Lt. 6 Ruang Perawatan Paru dan Ruang Isolasi